微生物多樣性測(cè)序分析
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微生物多樣性測(cè)序
微生物多樣性測(cè)序是對(duì)環(huán)境樣品中細(xì)菌（16S rDNA）、真菌（18S/ITS）、功能基因等基因的DNA進(jìn)行特定長度的PCR擴(kuò)增并對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序的分析，可實(shí)現(xiàn)對(duì)環(huán)境樣品中的優(yōu)勢(shì)物種、稀有物種和一些未知物種進(jìn)行檢測(cè)，精準(zhǔn)解析微生物在種屬水平上的組成和豐度情況，是當(dāng)前研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異的重要技術(shù)手段。
細(xì)菌微生物多樣性
16S rDNA測(cè)序：16S rDNA具有10個(gè)保守區(qū)和9個(gè)高變區(qū)。保守區(qū)反映生物物種間的親緣關(guān)系，高變區(qū)反映物種間的差異。對(duì)16S rDNA某個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境微生物中的群落結(jié)構(gòu)多樣性。
16S rDNA序列及常用擴(kuò)增引物序列
真菌微生物多樣性
18S rDNA測(cè)序：18S rDNA也包含可變區(qū)和保守區(qū)。對(duì)18S rDNA某個(gè)高變區(qū)進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境樣本中真核微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性。
ITS1測(cè)序：ITS分為兩個(gè)區(qū)域：ITS1和ITS2。ITS區(qū)域進(jìn)化速率是18S rDNA的10倍之多。對(duì)ITS1和ITS2進(jìn)行測(cè)序，用于研究環(huán)境樣本中真核微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性。
ITS rDNA序列及常用擴(kuò)增引物序列
功能基因多樣性
功能微生物是在自然界中由于其功能的重要性而受到廣泛關(guān)注的一類微生物，如硝化細(xì)菌、反硝化細(xì)菌、氨氧化細(xì)菌、硫酸鹽還原菌、固氮菌等，使這些功能細(xì)菌發(fā)揮這種特定功能的基因就稱為功能基因，如AOA、AOB、nifH等。
功能基因測(cè)序，是根據(jù)復(fù)雜環(huán)境中具有特殊功能的微生物基因序列設(shè)計(jì)引物，用該引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，建庫后進(jìn)行高通量測(cè)序。功能基因測(cè)序可有效研究特定環(huán)境中的功能微生物物種信息，包括：功能微生物功能差異、分類和豐度等，并與每個(gè)采樣點(diǎn)的環(huán)境因子相結(jié)合，可以同時(shí)分析環(huán)境因子與功能細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的關(guān)系，因此對(duì)復(fù)雜環(huán)境中的微生物構(gòu)成研究有重要的指導(dǎo)作用。
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