【科研必備】秒懂文獻(xiàn)蛋白互作圖：從 STRING 網(wǎng)絡(luò)到 Co-IP 結(jié)果的全類型解析！
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發(fā)表時(shí)間：2025-08-26
一、酵母雙雜交
酵母雙雜交實(shí)驗(yàn)是一種經(jīng)典的分子生物學(xué)技術(shù)，廣泛用于研究蛋白質(zhì)之間的相互作用。本實(shí)驗(yàn)旨在通過酵母雙雜交系統(tǒng)驗(yàn)證NF-YC9蛋白與BIN2蛋白之間是否存在相互作用。實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)包括以下幾部分：
1. 實(shí)驗(yàn)材料與培養(yǎng)基
培養(yǎng)基：
二缺板（SD/-Trp/-Leu）：用于初步篩選融合蛋白的表達(dá)情況，同時(shí)排除單個(gè)融合蛋白的自激活現(xiàn)象。
四缺板（SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade）：用于進(jìn)一步驗(yàn)證蛋白質(zhì)之間的相互作用，通過檢測(cè)報(bào)告基因（如HIS3和ADE2）的表達(dá)來判斷互作的強(qiáng)度和可靠性。
2. 實(shí)驗(yàn)分組
①實(shí)驗(yàn)組：本實(shí)驗(yàn)的核心目標(biāo)是驗(yàn)證NF-YC9與BIN2蛋白之間是否存在相互作用。通過將NF-YC9和BIN2分別構(gòu)建到酵母雙雜交系統(tǒng)的兩個(gè)融合蛋白載體中，觀察其在酵母細(xì)胞中的互作情況。
②陰性對(duì)照：設(shè)置陰性對(duì)照組，以確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。陰性對(duì)照組中，兩個(gè)融合蛋白之間不存在已知的相互作用，用于排除背景信號(hào)和非特異性結(jié)合的可能性。
陽性對(duì)照：選用已知存在相互作用的蛋白對(duì)（如BZR1與BIN2）作為陽性對(duì)照，以驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的有效性和可靠性。陽性對(duì)照組的預(yù)期結(jié)果為在四缺板上能夠正常生長(zhǎng)，且生長(zhǎng)情況良好。
3. 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
在實(shí)驗(yàn)過程中，我們分別將實(shí)驗(yàn)組、陰性對(duì)照組和陽性對(duì)照組的酵母菌株接種到二缺板（SD/-Trp/-Leu）和四缺板（SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade）上進(jìn)行培養(yǎng)。經(jīng)過一段時(shí)間的培養(yǎng)后，觀察菌落的生長(zhǎng)情況。
①二缺板（SD/-Trp/-Leu）：在二缺板上，實(shí)驗(yàn)組、陰性對(duì)照組和陽性對(duì)照組均能夠正常生長(zhǎng)，說明構(gòu)建的融合蛋白載體在酵母細(xì)胞中成功表達(dá)，且酵母細(xì)胞能夠正常生長(zhǎng)和代謝。
②四缺板（SD/-Trp/-Leu/-His/-Ade）：在四缺板上，陽性對(duì)照組的酵母菌落生長(zhǎng)良好，說明已知的蛋白對(duì)（BZR1與BIN2）之間存在明確的相互作用，且實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)運(yùn)行正常。陰性對(duì)照組的酵母菌落未能生長(zhǎng)，表明實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)能夠有效區(qū)分非特異性結(jié)合和背景信號(hào)。而實(shí)驗(yàn)組的酵母菌落也在四缺板上生長(zhǎng)，且生長(zhǎng)情況與陽性對(duì)照組相似。
二、pull-down
Western Blot 檢測(cè)
以 GST-BIN2 作為誘餌時(shí)：在 Western Blot 檢測(cè)中，可以清晰地檢測(cè)到 His-NF-YC9 蛋白的特異性條帶。這表明 GST-BIN2 誘餌蛋白能夠成功捕獲 His-NF-YC9 獵物蛋白，說明兩者之間存在相互作用。
以 GST 作為誘餌時(shí)：在 Western Blot 檢測(cè)中，未檢測(cè)到 His-NF-YC9 蛋白的特異性條帶。這表明 GST 誘餌蛋白無法捕獲 His-NF-YC9 獵物蛋白，說明 GST-BIN2 與 His-NF-YC9 的相互作用具有特異性，而非由于非特異性結(jié)合導(dǎo)致。
三、BiFC
1、實(shí)驗(yàn)組：在實(shí)驗(yàn)組中，觀察到明顯的 YFP 熒光信號(hào)，表明 GST-BIN2-N-YFP 和 His-NF-YC9-C-YFP 融合蛋白之間發(fā)生了相互作用，導(dǎo)致 YFP 的兩個(gè)片段重新組裝并恢復(fù)熒光。
2、陰性對(duì)照組：在陰性對(duì)照組中，未觀察到 YFP 熒光信號(hào)，說明 GST 蛋白與 His-NF-YC9 蛋白之間不存在相互作用，驗(yàn)證了實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的特異性。
3、共定位分析：在圖像疊加（Merge）分析中，YFP 熒光信號(hào)與核定位標(biāo)記蛋白 VirD2NLS-mCherry 的紅色熒光信號(hào)有明顯的共定位現(xiàn)象。這表明 GST-BIN2 與 His-NF-YC9 的相互作用發(fā)生在細(xì)胞核內(nèi)。
四、CO-IP
1、實(shí)驗(yàn)組：在 Western Blotting 圖像中，清晰地檢測(cè)到 BIN2-MYC 和 NF-YC9-FLAG 的特異性條帶。這表明在細(xì)胞環(huán)境中，BIN2-MYC 與 NF-YC9-FLAG 蛋白能夠形成穩(wěn)定的復(fù)合物，且兩者之間存在體內(nèi)相互作用。
2、陰性對(duì)照組：在陰性對(duì)照組中，未檢測(cè)到 NF-YC9-FLAG 的特異性條帶，僅檢測(cè)到少量的非特異性背景信號(hào)。這表明實(shí)驗(yàn)組中 NF-YC9-FLAG 的捕獲是特異性的，排除了抗體的非特異性結(jié)
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主營項(xiàng)目
1. 動(dòng)物實(shí)驗(yàn)
動(dòng)物飼養(yǎng)、疾病造模、行為學(xué)檢測(cè)、心功能、無創(chuàng)血壓、血常規(guī)、全自動(dòng)生化檢測(cè)等
2. 細(xì)胞實(shí)驗(yàn)
CCK8/MTT、原代細(xì)胞分離、流式細(xì)胞實(shí)驗(yàn)、細(xì)胞劃痕、侵襲、遷移、EDU染色、轉(zhuǎn)染、穩(wěn)定株
3. 分子生物學(xué)
PCR檢測(cè)、熒光定量PCR、絕對(duì)定量PCR、端粒酶長(zhǎng)度、pull down、雙熒光素酶、SSR、SNP檢測(cè)等
4. 蛋白實(shí)驗(yàn)
WB、Co-IP、酵母雙雜
5. 病理實(shí)驗(yàn)
HE染色、免疫組學(xué)、電鏡
6. 生理生化實(shí)驗(yàn)
肝腎功能、抗氧化、免疫反應(yīng)等生理免疫指標(biāo);動(dòng)植物營養(yǎng)指標(biāo)、微量元素、重金屬、酶活等。
7. 多組學(xué)實(shí)驗(yàn)
基因組、轉(zhuǎn)錄調(diào)控、蛋白組、代謝組、微生物多樣性、宏基因組、生信分析
8. 整體課題實(shí)驗(yàn)
方案設(shè)計(jì)、整體實(shí)驗(yàn)交付、標(biāo)書寫作、論文潤(rùn)色、協(xié)助投稿
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